La mayoria de las inconvenientes que presentaba los envios no cobrados, era debido a que las opciones de envio precio fijo, no estaban habilitadas, esto fue causado por actualizaciones automaticas que woocommerce tenia asignado.
Cuando hay problemas con los pedidos, es obligatorio recurrir y enviar un correo a la plataforma que la tienda utiliza como metodo de pago, ellos se encargaran de darle seguimiento al origen del problema de la factura.